L'obbligatorietà della fatturazione elettronica verso la Pubblica Amministrazione dipende dall'attività svolta e dalla specifica normativa cui l'organizzazione non profit fa riferimento.
Una volta verificate queste condizioni con l'aiuto di un consulente o ricorrendo ai chiarimenti dell'Agenzia delle Entrate, l'organizzazione non profit può decidere il da farsi.
La fatturazione elettronica implica l'adozione delle regole tecniche stabilite dal Ministero al quale si rimanda per chiarimenti.